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这一区域主要有3个作用，首先是贮存试剂的制备，其次是试剂的分装，*后是主反应混合液的制备。实验所用的试剂和用于标本制作的材料必须直接运送至该区，中途不得经过其他区域。试剂原材料必须放在本区内，并且备至贮存试剂。至于是否需要控制气流压力，本区没有严格要求。
二、分子生物实验室的标本制备区
这一区域也有3个作用，首先是临床标本的保存，其次是核酸(RNA、DNA)的提取、贮存，*后是核酸加入至扩增反应管和测定RNA时DNA的合成。为了避免邻近区域进入本区的气溶胶污染，本区的压力梯度为相对于临近区域为正压。此外，为了预防加样操作中发生气溶胶污染，工作人员要避免在本区内的不必要走动。
三、分子生物实验室的扩增反应混合物配制和扩增区
这一区域主要有2个作用，首先是DNA扩增，其次是把制备的实验试剂做成反应混合液。由于实验扩增有较高的污染指数，所以本区的压力梯度要求为相对于邻近区域为负压，这样能避免气溶胶从本区泄漏。
四、分子生物实验室的扩增产物分析区
这一区域的主要作用是测定相关扩增片段，如果分子生物实验室中已设有全自动封闭分析仪器，那么不用再设立这一区域。本区的压力梯度要求为相对于临近区域为负压，以免扩增产物从本区扩散至其它区域。
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