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在羊的肉孢子虫病发病初期，肌肉会出现疼痛，行走具有盲目性的特点，且神志不安稳，腰部逐渐凹陷，腿伸直后四肢僵硬，后肢伴有轻微瘫痪的症状，部分机体还会出现呼吸困难等问题。另外，随着时间的推移，机体食欲骤减，身形不断消瘦，严重时会出现异食癖，并在患病后期失去行动能力。通过对机体的解剖检测情况可以看出，舌部、横膈膜、食道及心肌处会寄生诸多肉孢子虫体，局部肌肉发炎，中兽医厂家，但并不会出现渗出物等问题。
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原虫的生殖方式分无性生殖和有性生殖2种。
2)有性生殖。有结合生殖和配子生殖2种基本类型。结合生殖:多见于纤毛虫，2个虫体并排结合，进行核质的交换，核重建后再分裂为含有新核的虫体。配子生殖:因为虫体在裂殖生殖过程中出现性的分化，一部分裂殖体形成大配子体(雌性)，一部分形成小配子体(雄性)。1个小配子体发育成熟后可以产生多个小配子，1个大配子体只产生1个大配子。小配子进入大配子体内结合形成合子，合子可以再进行孢子生殖。
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原虫有4种运动qi官:鞭毛、纤毛、伪足和波动嵴。鞭毛很细，呈鞭子状，鞭毛的大部分可能包埋在虫体一侧延伸出来的细胞膜中，从而形成一个鳍状波动膜，如伊氏锥虫;纤毛的结构与鞭毛相似，但数目更多;伪足是肉足鞭毛亚门虫体的临时，可以引起虫体运动以捕获食物;波动嵴是孢子虫定位的，只有在电镜下才能观察到。此外，原生动物还有一些特殊细胞器，即动基体和顶复合器。
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