在酵母双杂交系统中,BD与X蛋白融合,AD与Y蛋白融合,如果X、Y之间形成蛋白-蛋白复合物,AD与BD会在空间上充分接近,重新构成结构域,启动报告基因的转录。拥有BD质粒的酵母可以在某一缺陷培养基上生长,拥有AD质粒的酵母菌可以在另一种缺陷培养基上生长,通过接合(mating)或共转化使酵母同时拥有AD与BD质粒。如果BD上的目的蛋白与AD上的诱饵蛋白存在相互作用,这样的酵母可以在三缺及四缺的培养基上生长,并启动β-半乳糖苷酶基因的转录。
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