亚细胞定位的重要性:
确定蛋白质功能:蛋白质的功能与其所处的亚细胞位置密切相关。例如,位于细胞核中的蛋白质可能参与基因调控,荧光定量,而在细胞质中的蛋白质可能参与代谢过程。通过确定蛋白质的亚细胞定位,可以为其功能研究提供重要线索。
揭示分子交互机理:不同亚细胞位置的蛋白质之间可能存在相互作用,这些相互作用对于细胞的正常生理功能至关重要。了解蛋白质的亚细胞定位有助于揭示这些分子交互机理。
为什么有的共定位图片中叶绿体通道是玫红色?
在拟南芥、、玉米、大麦、小麦等材料中,种植培养苗子时是正常接受光照的,叶片中含有大量叶绿体,而叶绿素在640nm左右的激发光下可产生红色的自发荧光。当在这些含叶绿体较多的受体材料中做共定位实验时,共定位marker一般为红色荧光(在560nm左右的激发光下),实验及共聚焦拍摄时两个波长通道的荧光互不影响,但视野下看着比较混淆,尤其叠加后二者不易分清,因此只是在颜色显示上将叶绿体自发荧光设置为玫红色,以显示和共定位marker的区别。
标准分类器在蛋白质亚细胞定位中的评估:Debasish Mohapatra 等人对三种标准分类器(Classification And Regression Tree,CART;K-Nearest Neighbor,KNN;Support Vector Machine,SVM)在蛋白质亚细胞定位预测中的性能进行了比较。实验结果表明,SVM 在准确性和宏观平均精度方面表现较好,而 CART 在宏观平均召回率和宏观 F1 分数方面表现较好。
基于 AdaBoost Learner 的蛋白质亚细胞定位预测:Yu-Huan Jin 等人介绍了一种基于 AdaBoost Learner 的蛋白质亚细胞定位预测方法。该方法利用蛋白质的氨基酸组成进行预测,通过 Jackknife 交叉验证和独立数据集测试表明,AdaBoost 是一种稳健有效的模型,预测准确率高于其他现有预测器。
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