标准分类器在蛋白质亚细胞定位中的评估:Debasish Mohapatra 等人对三种标准分类器(Classification And Regression Tree,CART;K-Nearest Neighbor,KNN;Support Vector Machine,SVM)在蛋白质亚细胞定位预测中的性能进行了比较。实验结果表明,SVM 在准确性和宏观平均精度方面表现较好,而 CART 在宏观平均召回率和宏观 F1 分数方面表现较好。
基于 AdaBoost Learner 的蛋白质亚细胞定位预测:Yu-Huan Jin 等人介绍了一种基于 AdaBoost Learner 的蛋白质亚细胞定位预测方法。该方法利用蛋白质的氨基酸组成进行预测,通过 Jackknife 交叉验证和独立数据集测试表明,AdaBoost 是一种稳健有效的模型,预测准确率高于其他现有预测器。
蛋白亚细胞定位是指对蛋白质在细胞内的具体位置进行分析和预测,对于理解蛋白质的功能和作用机制具有重要意义。随着生物信息学和蛋白质组学的发展,越来越多的研究机构和实验室开始提供蛋白亚细胞定位的分析和预测服务。
蛋白亚细胞定位的方法通常分为基于实验的方法和基于计算的方法。基于实验的方法通常使用荧光、荧光共振能量转移等技术来观察蛋白质在细胞内的位置,但是这种方法需要耗费时间和人力,且实验结果可能受到多种因素的影响。基于计算的方法则利用已知的蛋白质序列和数据库中的信息来预测蛋白质的位置,这种方法具有快速、、可重复性高等优点,但是预测结果的准确性可能会受到数据质量和模型准确性的影响。
禾谷菌 CgRab5A 的亚细胞定位研究:刘涵等人利用多片段一步法将 CgRab5A 自身启动子、GFP 片段和 CgRab5A 开放阅读框(ORF)片段到 pKNT 载体上,转化型禾谷菌的原生质体后,通过共聚焦显微镜观察 GFP-CgRab5A 在菌丝和孢子内的定位情况。结果表明,GFP-CgRab5A 在菌丝和孢子细胞内均呈点状分布,免疫蛋白荧光定位,定位于早期内涵体上。
水稻 OsUF 的亚细胞定位:丁作美等人通过得到水稻 E3 泛素连接酶 — 泛素融合蛋白(OsUF)基因的 cDNA 序列,并利用 Gateway 同源重组体系将 OsUF cDNA 全长重组到融合表达绿色荧光蛋白(GFP)的表达载体上,通过农杆菌介导的烟草瞬时表达系统进行亚细胞定位。结果显示,OsUF 蛋白定位在细胞核。
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