GFP是绿色荧光蛋白,在扫描共聚焦显微镜的激光照射下会发出绿色荧光,从而可以地定位蛋白质的位置。绿色萤光蛋白(GFP)是一个由约238个氨基酸组成的蛋白质,从蓝光到紫外线都能使其激发,发出绿色荧光。通过基因工程技术,启动子筛选,绿色萤光蛋白(GFP)基因能转进不同物种的基因组,在后代中持续表达,并且能根据启动子特异性地表达。
使用GFP必须构建融合蛋白载体,并在转染之后有效表达。这样,若在荧光显微镜下看到细胞内某一部位存在GFP信号,说明和GFP融合的蛋白也存在于该部位,这样就达到了确定某物质亚细胞定位的目的。
蛋白质序列特征:
利用改进型伪氨基酸组成法(PseAAC)、伪位置特异性得分矩阵法(PsePSSM)和三联体编码法(CT)对蛋白质序列进行特征提取,并将这三种方法得到的特征向量进行融合,以得到一个全新的蛋白质序列特征表达模型,然后输入到堆栈式降噪自编码器(SDAE)深度网络里自动学习更有效的特征表示,选用 Softmax 回归分类器进行亚细胞的分类预测,可有效提高蛋白质亚细胞定位预测的准确性。
利用 PSI-BLAST 工具搜索蛋白质序列,提取位点特异性谱中的位点特异性得分矩阵作为蛋白质的一类特征,并计算 4 等分序列的氨基酸含量以及 1~7 阶二肽含量作为另外两类特征,由这三类特征一共得到蛋白质序列的 12 个特征向量。通过设计一个简单加权函数对各类特征向量加权处理,作为神经网络预测器的输入,可提高蛋白质亚细胞定位预测的精度。
亚细胞定位是生物学中一个重要的研究领域,它帮助科学家们理解蛋白质和其它细胞成分如何在细胞内进行定位,这对于理解细胞的生物学和疾病研究都具有重要的意义。植物学研究者也利用亚细胞定位来研究植物细胞的生物学特性。
植物细胞的一个显著特点是它们具有细胞壁。细胞壁是由纤维素等多糖构成的,它包围在细胞膜的外面,提供细胞结构的支持。由于植物细胞壁的存在,植物细胞的亚细胞定位具有一定的性。
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